2005年，為提高我國(guó)男科學(xué)專業(yè)的學(xué)術(shù)水平和臨床診療水平，滿足學(xué)科建設(shè)和男科疾病診療需要，在郭應(yīng)祿院士的直接組織領(lǐng)導(dǎo)下，北大醫(yī)院男科中心正式成立運(yùn)行。北大醫(yī)院男科中心作為國(guó)內(nèi)目前國(guó)家三級(jí)甲等醫(yī)院中最大的男科，擁有北京市乃至全國(guó)知名的中西醫(yī)男科學(xué)專家，集醫(yī)療、教學(xué)、科研為一體，男科學(xué)發(fā)展進(jìn)入規(guī)模化、規(guī)范化的高速發(fā)展階段。
醫(yī)療工作主要針對(duì)男性性功能障礙、男性不育癥、男性生殖器畸形、前列腺疾病、性腺功能障礙、生殖系感染、性傳播疾病、男性計(jì)劃生育、男性更年期綜合癥、男性生殖系統(tǒng)腫瘤等等，包括門診、輔助檢查、病房及手術(shù)室四大區(qū)域，設(shè)有藥劑科、檢驗(yàn)科、心電圖室、超聲室、放射科、尿動(dòng)力學(xué)檢查室、男女性功能檢查室、電生理室、骨密度檢查室、膀胱鏡檢查室等，主要檢查設(shè)備包括島津多功能數(shù)字化遙控X光診斷系統(tǒng)、GE數(shù)字彩色超聲診斷系統(tǒng)、Laborie和Medtronic影像尿動(dòng)力測(cè)試儀、Medtronic盆底肌電診斷儀、Lunar雙能X線骨密度儀、RigiScan陰莖硬度測(cè)量?jī)x、MEDOC定量感覺障礙測(cè)定儀、全自動(dòng)血、尿、精液、全自動(dòng)酶聯(lián)免疫分析儀等，治療系統(tǒng)包括泌尿男科腔鏡診斷治療系統(tǒng)（包括全數(shù)字化膀胱尿道鏡、尿道內(nèi)切開鏡、前列腺電切鏡和腹腔鏡）；Laborie和Medtronic生物反饋治療系統(tǒng)；男女性功能障礙治療系統(tǒng)；CO2激光治療系統(tǒng)；全套數(shù)字化重癥監(jiān)護(hù)系統(tǒng)；顯微外科專用手術(shù)設(shè)備等，常規(guī)開展陰莖假體植入、陰莖背深靜脈結(jié)扎、陰莖背神經(jīng)矯形、顯微鏡下輸精管-輸精管吻合和附睪輸精管吻合、男性外生殖器整形等男科特色手術(shù)。至今北大醫(yī)院男科中心已經(jīng)成為國(guó)內(nèi)公立醫(yī)院中規(guī)模最大、設(shè)備最好的治療水平較高的單位。
教學(xué)方面，北大醫(yī)院男科中心是北京大學(xué)博士點(diǎn)和博士后流動(dòng)站之一。開展男科學(xué)醫(yī)師培訓(xùn)和男科學(xué)領(lǐng)域的科研工作，擔(dān)負(fù)男科學(xué)博士后、博士、碩士培養(yǎng)和全國(guó)泌尿男科臨床醫(yī)師的繼續(xù)教育任務(wù)。至2008年，共有4名博士后出站，博士2名畢業(yè)，在讀博士研究生5名，博士后3名；主辦5次“創(chuàng)普健康男人工程”男科醫(yī)師培訓(xùn)班，主辦3屆長(zhǎng)城國(guó)際男科論壇。
科研方面，男科中心建設(shè)有專有的先進(jìn)實(shí)驗(yàn)研究技術(shù)平臺(tái)，包括基因芯片技術(shù)平臺(tái)、熒光共振能量轉(zhuǎn)移技術(shù)平臺(tái)、熒光原位雜交技術(shù)平臺(tái)、多導(dǎo)電生理動(dòng)物活體研究平臺(tái)以及常規(guī)的分子生物技術(shù)平臺(tái)，并同美國(guó)加洲大學(xué)舊金山分校、喬志亞大學(xué)、新加坡國(guó)立大學(xué)、韓國(guó)延世大學(xué)等科研院所建立了合作研究實(shí)驗(yàn)室。男科中心成立至今，結(jié)題國(guó)家自然科學(xué)基金1項(xiàng)，在研國(guó)家自然科學(xué)基金3項(xiàng)（30772285/C030313中老年男性遲發(fā)性性腺功能障礙（LOH）分子生物學(xué)機(jī)制的研究）（30670818/C030204Tankyrase1及衰老對(duì)海綿體平滑肌細(xì)胞自噬的作用機(jī)制研究），北京市科委基金1項(xiàng)，橫向科研基金5項(xiàng)，在研國(guó)際合作基金2項(xiàng)，院級(jí)科研基金1項(xiàng)。發(fā)表論文70篇，SCI級(jí)論文5篇，核心期刊論著32篇，述評(píng)、講座及綜述33篇。